《梅花三弄》“曲音清幽，音节舒畅，一种孤高现于指下；似有寒香沁入肺腑，（《枯木禅琴谱》）表现梅花高洁，傲雪凌霜的品性，受历代琴人所重视，传世不衰。此曲原为笛曲，现存见最早记录梅花一曲谱本《神奇秘谱》（1425年）题解记载“臞仙按，琴传曰，是曲也，昔桓伊于王子猷闻其名而未识，一日遇诸途，倾盖下车共论。子猷曰：'闻君善于笛'，桓伊出笛为梅花三弄之调，后人以琴为三弄焉。” 根据此段题解推断其出处当是《晋书•桓伊传》，“伊善音乐，为江左第一。王徽之赴召京师，泊舟青溪侧。素不与徽之相识。伊于岸上过，徽之便令人谓伊曰：‘闻君善吹笛，试为我一奏。’伊是时已贵显，素闻徽之名，便下车，踞胡床，为作三调，弄毕，便上车去，客主不交一言。” “客主不交一言”，典型的魏晋风度，他们简约云澹，超然绝俗，不拘礼节，特立独行，巧合的是梅花一曲内蕴所要表达的恰恰也是这种傲雪凌霜、遗世独立的品行风度。因此可理解为梅花三弄是在儒道合流的时代产生的具有结合儒道两家思想的琴曲。至唐，颜师古据其笛曲改编，移植为琴曲，《杨抡伯牙心法》（1609年）记载“按是曲乃颜师古所作也。古惟笛有落梅曲，而三弄之调起自桓伊。”颜师古唐代著名经学家，是著名学者颜之推之孙，家学渊源深厚。但今除诸琴谱之外，未有资料证明颜师古改编此曲，是否是古人借名儒之名，尚待考证，此处存疑。

明代集谱之风盛行，自《神奇秘谱》始，存见明代曲谱中收录《梅花》一曲计有二十余种，现对明代谱本作一整理，见下图：
 

 
通过整理，以上版本从明仁宗洪熙元年（1425年）至思宗崇祯七年（1634年）基本跨度整个明代。通常琴曲注解中记录《梅花三弄》又名《梅花》、《梅花引》、《梅花曲》、《玉妃引》，然诸曲名之间仍有细微区别，现初步整理如下；
1、     《梅花三弄》
自《神奇秘谱》收录《梅花三弄》始，其名使用最多，为主流版本，后世梅花版本变化以此为基础。曲子整体结构稳定，即便在发展过程中稍加变化，其大体段落不变。以《神奇秘谱》段落标题为例，共分十段，一、溪山夜月；二、一弄叫月，声入太霞；三、二弄穿云，声入云中；四、青鸟啼魂；五、三弄横江，隔江长叹声；六、玉箫声；七、凌风戛玉；八、铁笛声；九、风荡梅花；十、欲罢不能。明代诸多《梅花三弄》版本，除作为核心以贯穿全曲的同弦异徽三段泛音即三弄以外，其起首必为“溪山夜月”（或名溪山晓月），结尾也必以“风荡梅花、欲罢不能”结束，而中间的读书声（青鸟啼魂）、玉箫声、凌风戛玉、铁笛声，每个版本根据自身需要做前后调整及增删，结构基本不变。
2、     《梅花引》
《梧岗琴谱》《琴谱正传》二谱收录，二谱为同一版本，共十段。《梅花引》
与《梅花三弄》版本差异较大。值得注意的是《琴谱正传》同时收入《梅花三弄》《梅花引》二曲，说明在当时已作为不同版本，以不同名加以区分。
3、     《梅花曲》
明代只见于《谢琳太古遗音》，配有唱词，与《梅花三弄》为不同曲目，然解题内容基本相同。
4、     《梅花》
见于《文会堂琴谱》与《古音正宗》，二谱不同。《古音正宗》本，十段，已接近现下流行的“新梅花”。此处《梅花》仅作《梅花三弄》的简称，无特殊区分。
5、     《玉妃引》
诸谱之中无此名，仅于谱中题解记载，《梅花三弄》亦名《玉妃引》。“玉妃”为名无特殊典故，诗文中玉妃即喻指梅花。
6、     《梅花十五弄》
以梅花为题材所创琴歌与《梅花三弄》无关，为明代《理性元雅》编者张廷玉于杭州所创。作者于曲首自序“武林榷关署西有花园曰静观堂，幽敞郁葱，多隹树，而官梅芙蓉石则以奇古腾艳寰中，盖南宋德寿宫园旧物存至今也。……惟梅石最可清玩，良得意在此日抱琴鼓于下作梅花十五弄以遣兴。”
 
今较为流行的两个版本，广陵张子谦为代表的“老梅花”（《蕉庵琴谱》1868）与虞山吴景略为代表的“新梅花”（《琴谱谐声》1820）皆为清代版本，与明代谱记《梅花》有所区别，在琴曲数百年的传承过程中，历代琴人对其进行加工整理，增删润色，使其更加流畅灵动，遒劲优美。明清修订琴谱之风盛行，使得诸多古琴曲流传有序，也是古琴经历衰落期后能迅速恢复的重要原因。